Аппарат Суда представляет собой орган Суда Евразийского экономического союза, обеспечивающий его деятельность. В структуру Аппарата Суда входят секретариаты судей и Секретариат Суда.
Секретариат судьи состоит из советника судьи и помощника судьи.
Секретариат Суда состоит из двух подразделений – экспертно-аналитического отдела и отдела финансовой и организационно-кадровой работы. Секретариат Суда осуществляет правовое, организационное, материально-техническое и иное обеспечение деятельности Суда. Руководство Секретариатом Суда обеспечивает руководитель Секретариата Суда и два его заместителя.
Все сотрудники Аппарата Суда являются международными служащими.